Com início das operações em 1975, como então Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa, a Fundep foi criada em um período transformador da área de Ciência e Tecnologia no Brasil. A Reforma Universitária do ano de 1968 havia redefinido o papel da universidade no país, associando o ensino e a pesquisa com a pós-graduação. O objetivo era proporcionar a formação avançada de recursos humanos e a geração de conhecimentos e tecnologias nacionais de alto nível.

Desde 1945, com a federalização de universidades e instituições de ensino superior, o setor vinha sendo transformado no Brasil, com investimento na formação avançada de professores, criação de órgãos de fomento à pesquisa e novas políticas de ensino, pesquisa e de incentivo à Ciência e Tecnologia. Na década de 1970 no Brasil, em um período turbulento da história brasileira, implantou-se uma política governamental voltada para o progresso científico e tecnológico sob controle do Estado. Surge, assim, a institucionalização da pesquisa nas universidades, por meio da implantação de um parque de cursos de pós-graduação e da criação da infraestrutura para a execução dos trabalhos.

Ao mesmo tempo, os recursos passaram a ser externos à Universidade e dependentes de aprovação em agências financiadoras. Nesse contexto, torna-se frequente, para os idealizadores de projetos acadêmicos e de pesquisa, a demanda pela administração dos convênios para repasses de verbas e várias outras formas de destinação de recursos para as pesquisas, como acordos, contratos, auxílios e financiamentos de instituições e parceiros externos.